1. У Apple есть AppStore, который является единственным местом, где можно приобрести софт для iPhone. На этом делаются деньги.
2. Пусти флеш на айФон, и полетят кучи «програм» от горе-разработчиков, и кому захочется идти в аппСтор, если можно навалять аналог на флеше.
3. Флеш, как мы помним прожорлив до ресурсов, дай криворукому разработчику флеш-приложений волю, и он убъет батарейку телефона очень быстро )))

Позиция адоб тоже ясна. Парней не пускают в чужую песочницу, которая есть рынок, и судя по всему немалый. Иначе зачем им это надо?